Sekretariat Perwakilan mempunyai tugas menyelenggarakan dan mengoordinasikan dukungan administrasi, hukum, hubungan masyarakat dan perpustakaan, protokoler, serta sumber daya untuk kelancaran tugas dan fungsi BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Utara.
Dalam melaksanakan tugas tersebut, Sekretariat Perwakilan menyelenggarakan fungsi:
- Pelaksanaan kegiatan kesekretariatan BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Utara;
- Pengurusan SDM, keuangan, serta prasarana dan sarana di lingkungan BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Utara;
- Pemberian layanan di bidang hukum, hubungan masyarakat, teknologi informasi, administrasi umum, keprotokolan, dan perpustakaan di lingkungan BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Utara;
- Penyusunan Laporan Keuangan BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Utara dan penyiapan bahan penyusunan Laporan Keuangan BPK;
- Pemutakhiran data pada aplikasi SIMAK dalam rangka pengukuran Indikator Kinerja Utama unit kerja pada lingkup BPK Perwakilan Provinsi Jawa Tengah;
- Penyimpanan Database Entitas Pemeriksaan pada lingkup tugas BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Utara; dan
- Penyiapan bahan penyusunan Laporan Akuntabilitas Kinerja BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Utara